Bayern wurde in dieser Zeit entscheidend durch den Minister Montgelas

 Niederlage Österreichs in der Dreikaiserschlacht von Austerlitz folgte der Friede von Pressburg, der u. a. die Abtretung von Tirol und Vorarlberg an Bayern beinhaltete. 1806 wurde Bayern als Dank von Napoleon zum Königreich proklamiert, wobei Maximilian ausdrücklich den Bezug zum mittelalterlichen Königreich Bayern betonte, um selbiges zu legitimieren. Bayern trat anschließend auf Druck Napoleons dem Rheinbund bei, woraufhin Franz II. die deutsche Kaiserwürde niederlegte und das Reich damit für erloschen erklärte. Im März 1806 trat Bayern das rechtsrheinische Herzogtum Berg im Tausch gegen das Fürstentum Ansbach an Napoleon ab.

Bayern wurde in dieser Zeit entscheidend durch den Minister Montgelas geprägt. Er gilt zusammen mit König Maximilian I. als Schöpfer des modernen bayerischen Staates. Montgelas schuf eine effiziente Staatsverwaltung für das vergrößerte Bayern. Er teilte das Land in acht Verwaltungskreise ein und verwaltete es durch ein neu geschaffenes Beamtenwesen. Er führte die allgemeine Schulpflicht ein und schuf durch Vereinheitlichung von Maßen, Gewichten und Währung sowie durch die Abschaffung der Binnenzölle und des Zunftzwangs einen einheitlichen Wirtschaftsraum. 1808 wurde von ihm die erste bayerische Verfassung, Konstitution genannt, verabschiedet. In ihr wurde unter anderem auch offiziell die in Bayern zu dieser Zeit kaum mehr vorkommende Leibeigenschaft abgeschafft und die Gesetzgebung vereinheitlicht.

Die Zwangsaushebung von Rekruten für die Bayerische Armee führte zum Aufstand der Tiroler unter Andreas Hofer, der am 9. April 1809 in der Tiroler Hauptstadt Innsbruck begann und am 1. November 1809 mit der Niederlage der Tiroler am Bergisel endete. Der Pariser Vertrag vom 28. Februar 1810 zwischen Frankreich und Bayern führte zu Gebietsarrondierungen. Bayern erhielt die Markgrafschaft Bayreuth, das Fürstentum Regensburg, das Innviertel, das halbe Hausruckviertel sowie Gebiete um Salzburg und Berchtesgaden als Territorium hinzu. Im Gegenzug mussten das südliche Tirol und einige schwäbische Gebiete abgegeben werden.