Außenpolitisch wurde Bayern 1670 dennoch zum Verbündeten Frankreichs. Kurfürst Maximilian II. Emanuel errang zunächst an der Seite Österreichs mehrere Siege gegen die Türken. Im Spanischen Erbfolgekrieg stand Bayern unter Maximilian II. Emanuel wieder auf der Seite Frankreichs. Der Krieg endete nach der Niederlage in der Schlacht von Höchstädt 1704 mit der Besetzung Bayerns durch den habsburger Kaiser. Ein Landesdefensionskongress tagte im Dezember 1705 im damals noch bayerischen Braunau am Inn. Die Volksaufstände 1705 bei Sendling und 1706 bei Aidenbach scheiterten, nachdem in der Sendlinger Mordweihnacht die schlecht bewaffneten und schlecht geführten Bayern von den kaiserlichen Truppen niedergemetzelt worden waren. Erst 1714 wurde Bayern von den europäischen Großmächten aus Gründen des Machtgleichgewichts wiederhergestellt.
1724 beschlossen die pfälzische und die altbayerische Linie der Wittelsbacher die sogenannte Wittelsbacher Hausunion zur Sicherung der Stellung Bayerns. Im Österreichischen Erbfolgekrieg kämpfte Bayern an der Seite von Frankreich und Preußen gegen die Habsburgerin Maria Theresia. 1742 wurde der Wittelsbacher Karl Albrecht von den Kurfürsten, die Maria Theresia als Kaiserin nicht anerkannten, als Karl VII. zum Kaiser gewählt. Österreich konnte sich im Kriegsverlauf behaupten und besetzte wiederum Bayern. Drei Jahre danach starb Karl Albrecht. Sein Sohn und Nachfolger Maximilian III. Joseph musste auf die Führungsrolle zugunsten der Habsburger verzichten und wandte sich inneren Reformen zu.
